继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
阿兰·里奇森 安君 迪恩·阿姆斯特朗 马克·布鲁卡斯 凯文·考利甘 Karen Kwong-Chip 乔尔·拉贝尔 西黛尔·诺尔 凯瑟琳·罗伯特森 克里斯·马奎特 凯文·韦斯曼 Jeffrey Mowery 安德·雷特尔 Beatrice Trang Hannah Yohannes
克里斯蒂·柏克 瑞斯·里奇 理查德·弗利施曼 瑞安·亚当斯 帕夫莱·耶里尼奇 沙利妮·佩里斯 蒂安娜·乌普切娃 戴安娜·贝穆德斯 贾德兰·马尔科维奇 克里斯蒂娜·沃尔夫 塔玛拉·拉多瓦诺维奇
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